提示した資料の多くは、読み取るのに専門的な知識が必要かもしれません。
私も全てに目を通しているわけではありません。自分のわからない部分をスルーして、興味のあるところだけを引用しています。（こういった態度は余りよろしくありません）
国立感染症研究所の資料のいくつかは、研究論文のレベルで、そういった考え方の研究者が居る、という程度に捕らえる方がよいと思います。（当然、逆の立場の人も居ることでしょう）
また、国立感染症研究所は、私が見た限り、予防接種を積極的に推進する立場と感じました。
「予防接種ガイドライン」（2003年11月改訂）の冒頭に「自分自身やわが子の健康維持のため，および社会全体の感染症予防のため」とあるので、最新の考え方がここからは検索できませんでしたが、公的にはすでに順序も逆になっているのかもしれません。
ご紹介いただいた資料にたどり着けていないのですが、公衆衛生レベルの向上に伴い、集団予防重視から個人予防にシフトしているという記述が教科書の中には見られます。
また、当然行政の努力が必要
というご指摘ですが、予防接種の扱いそのものが、医学的な根拠に基づきながら、実際には法律で縛られているのは事実です。医療の取り組みも、法律に左右されるということです。
記事の中でも引用していますが、「厚生の指標臨時増刊、国民衛生の動向」（厚生統計協会：編）が読みやすく、新しい資料に接することが出来ると思います。図書館で見ることが出来るはずです。
息子さん、お大事にしてあげてください。
息子は、元気を取り戻しました。ありがとうございます。
